1925年11月8日，蔣介石在汕頭（另有在潮州召開的說法）召開有東征軍各部高級(jí)將領(lǐng)參加的軍事會(huì)議，討論確定了整頓地方行政以及對(duì)竄入福建的陳炯明殘部的處置方法等問題。

　　整個(gè)東江地區(qū)，是陳炯明、林虎等軍閥勢(shì)力盤踞多年的老巢，他們同香港的帝國(guó)主義勢(shì)力有著千絲萬縷的聯(lián)系。第一次東征勝利后，由于東征軍迅速回師討伐楊劉叛亂，沒有及時(shí)鞏固在東江地區(qū)的革命成果，僅有的一些部署也被卷土重來的陳炯明勢(shì)力破壞殆盡。第二次東征勝利，雖然將陳炯明的軍事力量徹底擊潰，但如何將局面穩(wěn)定下來，迅速建立起廣州革命政府的統(tǒng)治，防止陳炯明叛軍死灰復(fù)燃，成為東征軍工作中的重中之重。據(jù)東征軍參謀團(tuán)鄧演存等四人當(dāng)時(shí)所寫的《東征參戰(zhàn)報(bào)告》中記載，由于陳炯明叛軍久駐東江，對(duì)國(guó)民政府及革命軍采取了大量“極端之誣捏”的宣傳，以致 “當(dāng)東征軍開抵石龍等處，各界民眾(尤其是商民)多相率逃避，使我軍出發(fā)需要之夫役，及各種物品均無從雇傭”。因此，如何迅速建立起廣州革命政府在這個(gè)地區(qū)的統(tǒng)治，打破陳炯明對(duì)革命政府的反動(dòng)宣傳，是亟需解決的問題。

　　11月8日上午，東征軍參加了由當(dāng)?shù)馗鲗W(xué)校和工會(huì)召開的歡迎大會(huì)。會(huì)后，蔣介石召開各師將領(lǐng)軍事會(huì)議，討論安定地方局勢(shì)、對(duì)竄入福建境內(nèi)的陳炯明叛軍殘部的處置辦法、收編被擊潰的小股叛軍等問題。當(dāng)時(shí)的情況是，叛軍的指揮熊略將尚在前方的林烈和退守老隆的林國(guó)光等人集合在一起，在敗局已定的情況下，熊略讓各路叛軍將領(lǐng)率部退往福建和江西，準(zhǔn)備像第一次東征后那樣?xùn)|山再起。東征軍將領(lǐng)經(jīng)過討論，一致認(rèn)為，為鞏固?hào)|征成果，防止叛軍卷土重來，必須徹底消滅陳炯明殘部。蔣介石部署了分三路進(jìn)剿逃往福建叛軍的計(jì)劃：何應(yīng)欽率（第二天，何應(yīng)欽在汕頭又被任命為潮梅善后督辦）東征軍第一縱隊(duì)主力從饒平出分水關(guān)；譚曙卿（原指揮李濟(jì)深已經(jīng)調(diào)往南路參加對(duì)鄧本殷的戰(zhàn)斗，由譚曙卿接手指揮職務(wù)）率第二縱隊(duì)由大埔入福建平和；程潛率第三縱隊(duì)由梅縣入松口攻福建永定；總指揮部移至梅縣留隍，并確定后方工作由總政治部主任周恩來主持。

　　周恩來進(jìn)行的工作主要有兩方面。一方面開展同當(dāng)?shù)嘏f勢(shì)力的斗爭(zhēng)。周恩來首先布告嚴(yán)禁煙賭，蔣介石更是在群眾大會(huì)上宣傳煙賭之害，稱革命政府決定永遠(yuǎn)禁絕，博得潮汕群眾的一致贊同。此后，周恩來又先后下令，將有貪污行為的揭陽縣長(zhǎng)曾靖圣、五華縣稅務(wù)局長(zhǎng)張谷山等撤職查辦；整頓教育，將梅縣師范校長(zhǎng)黃柏聲撤職；制裁毒害東江人民的鴉片商，宣布查辦陳有利、陳堅(jiān)夫販賣煙土案；取締各縣劣紳把持的縣議會(huì)；改組由工賊控制的人力車工會(huì)和小販工會(huì)。另一方面，周恩來在東江地區(qū)著手建立新的政權(quán)機(jī)構(gòu)和群眾組織。在東征進(jìn)軍過程中，有些縣長(zhǎng)由周恩來電請(qǐng)廣東省政府任命。到汕頭后，他選派國(guó)民黨左派陳卓凡等擔(dān)任揭陽等縣縣長(zhǎng)。接著，又委派東江各縣的檢察官。他還在各縣遣派特派員，負(fù)責(zé)領(lǐng)導(dǎo)當(dāng)?shù)氐娜罕娊M織，如農(nóng)會(huì)、工會(huì)、婦女協(xié)會(huì)等。由于周恩來還兼任國(guó)民黨東江各地黨務(wù)組織主任，他派特派員到潮安、揭陽、普寧、潮陽、惠來等縣去改組國(guó)民黨縣黨部，并參加了潮、梅、海陸豐各屬縣黨部在汕頭召開的代表大會(huì)。他召開多次軍民聯(lián)歡大會(huì)，召集各界民眾演講，還組織政治部人員張貼各種圖畫、標(biāo)語，用淺顯易懂的形式宣傳廣州國(guó)民政府的政策以及革命軍東征的意義。蔣介石在潮汕的數(shù)天，戎馬倥傯之余，也積極配合周恩來的行動(dòng)，到處視察、演說，宣傳東征的意義以及革命道理。

　　周恩來的工作很快取得了顯著成效。東江群眾“目睹本軍之紀(jì)律，始各安心來歸”，“均簞食壺漿以迎義師。關(guān)于給養(yǎng)及運(yùn)輸，遂感莫大之便利”。16日，汕頭各界舉行“國(guó)民革命軍勝利祝捷大會(huì)”，工、農(nóng)、商、學(xué)等數(shù)十團(tuán)體、4萬余人自發(fā)參加，全市搭祝捷樓亭5座，結(jié)彩綴花，懸匾掛聯(lián)；會(huì)后各隊(duì)手持書寫標(biāo)語的小旗游行，隊(duì)伍長(zhǎng)10余里，蔣介石再次發(fā)表講話，著重解釋了“平均地權(quán)，節(jié)制資本”的含義。

　　在繼續(xù)追剿陳炯明叛軍方面，蔣介石更是不遺余力。他一面命令各部隊(duì)加緊追擊逃跑的叛軍，一面讓留守部隊(duì)收編被打散的叛軍。退至東江上游龍川江西交界的叛軍將領(lǐng)翁輝騰、葉柏質(zhì)見大勢(shì)已去，率領(lǐng)兩千人投降。蔣介石還多次給控制福建的直系軍閥、福建軍務(wù)督辦周蔭人發(fā)去電報(bào)，要周蔭人協(xié)助收繳陳炯明叛軍殘部武器。周蔭人派使者與東征軍接洽，對(duì)東征軍持“友好態(tài)度”，并在一定程度上默許了東征軍進(jìn)入福建追擊陳炯明叛軍。

　　此時(shí)，陳炯明本人并不在前線親自指揮，其主力被消滅后，他即由汕頭經(jīng)廈門遠(yuǎn)走上海。叛軍將領(lǐng)林虎早已灰心喪氣，他將兵權(quán)交給了劉志陸，自己離開部隊(duì)，跑到武漢向吳佩孚聯(lián)系“收編事宜”去了。其他人如熊略見叛軍已經(jīng)土崩瓦解，也就放棄部隊(duì)，前往香港，林烈和林國(guó)光也跟著相繼離開。劉志陸勉強(qiáng)率殘余部隊(duì)竄到福建省武平縣烏鴉坡，以其部屬謝文炳、陳修爵兩個(gè)旅為主要骨干，將其他部隊(duì)改編為九個(gè)團(tuán)，另稱“粵軍”、自充“主任”。東征軍第三縱隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)程潛探知?jiǎng)⒅娟懖苛⒆阄捶€(wěn)，擬經(jīng)永定、上杭去贛南，正由大溪向永定前進(jìn)。程潛一面電令中路馮軼裴部于14日上午8時(shí)以前到達(dá)下洋策應(yīng)；一面率鄂軍蘇世安旅由大埔連夜向永定進(jìn)發(fā)，于14日黎明到達(dá)葉坪山。程潛獲知?jiǎng)⒅娟憽ⅰ叭S散”部的烏合之眾五六千人（一說九千人，其中徒手者約一半）頭一天抵永定，尚無準(zhǔn)備，遂果斷下令發(fā)起攻擊。經(jīng)過兩小時(shí)的激戰(zhàn)，繳獲槍700余枝，子彈30萬發(fā)，馬40余匹，大炮2門，水旱機(jī)關(guān)槍4挺，俘千余人，其余敵人繼續(xù)向上杭潰退。蔣介石得到捷報(bào)后非常滿意，當(dāng)即電請(qǐng)軍事委員會(huì)將程潛所部改編為國(guó)民革命軍第六軍，并推薦程潛任該軍軍長(zhǎng)。東征軍第二縱隊(duì)第十一師陳濟(jì)棠部，則按照部署由饒平向閩南和平、詔安、云霄追擊叛軍洪兆麟殘部，將其中一部分繳械，剩余逃至漳州、石碼一帶的叛軍被閩軍張毅部繳械。東征軍指揮部見叛軍皆被擊潰，又考慮此時(shí)不應(yīng)該大舉入閩，遂將追擊部隊(duì)撤回休整，并收集惠州、河源、淡水三處東征軍陣亡烈士遺骸返廣州安葬。

　　劉志陸見東征軍撤出福建，一面暫時(shí)喘息，一面對(duì)是否應(yīng)該投降廣州革命政府一事征求將領(lǐng)們的意見。大部分叛軍將領(lǐng)認(rèn)為：蔣介石曾迫走其上司粵軍總司令許崇智，囚禁過粵軍軍長(zhǎng)梁鴻楷，還槍殺張國(guó)貞、楊錦隆、梁士鋒等粵軍將領(lǐng)，若是投降，恐怕不為蔣介石所容，因此建議投靠武漢的吳佩孚。是年冬天，陳炯明叛軍的最后一支部隊(duì)在林廷華的帶領(lǐng)下退入江西，被賴世璜收編，至此，盤踞東江多年的陳炯明叛軍被徹底根除，革命政府完全控制了廣東全境。