1925年11月30日，國民政府南征軍攻占了盤踞在廣東南部沿海軍閥、自稱“八屬聯(lián)軍副總指揮兼第2軍軍長”申葆藩的大本營廉州，并在此后迅速進軍，徹底掃清了長期從南路威脅廣州的軍閥鄧本殷、申葆藩的割據(jù)勢力。

　　在廣州國民政府發(fā)動第二次東征討伐陳炯明后，盤踞在海南島、欽州、廉州的軍閥鄧本殷、申葆藩，為了“拯救”節(jié)節(jié)敗退的陳炯明，乘廣州空虛，分三路進犯西江。一時間，粵南的陽江、羅定、云浮各縣相繼失守。

　　實際上，廣州國民政府在1925年8月成立伊始，就已經(jīng)制定出消滅南路軍閥的方案。當時，正值廣西新桂系李宗仁、白崇禧、黃紹竑基本統(tǒng)一了廣西，廣州國民政府在他們統(tǒng)一廣西的過程中予以了巨大的支持。1925年8月上旬，國民政府派李濟深到南寧，商討兩廣統(tǒng)一問題。在會談中，雙方達成協(xié)議，李宗仁等同意廣西統(tǒng)一在廣州國民政府之下，并按照國民政府頒布的省政府組織法組織省政府和國民黨省黨部；在軍事方面，同意聯(lián)合行動，消滅申葆藩、鄧本殷。

　　第二次東征之際，國民革命軍的主力部隊在通往陳炯明的老巢潮州、梅州的路上，國民政府軍委會命令以陳銘樞（國民革命軍第4軍第10師師長）為南路軍指揮官，負責防守鄧本殷的部隊。陳銘樞是廣東合浦曲樟（今屬廣西）客家人，他的部隊又多是“南路人”出身，因此國民政府軍事委員會決定讓陳銘樞擔任南路指揮，陳銘樞也并未推辭。據(jù)陳銘樞回憶，國民政府首腦汪精衛(wèi)和譚延闿等人要將陳銘樞任命為“南路總指揮”，但第4軍軍長李濟深表示反對。后來根據(jù)李濟深的意見，將陳銘樞任命為“各軍指揮”。

　　陳銘樞到任后，由于兵少糧缺，他就向梧州的新桂系借兵，并在駐防當?shù)鼗I措糧餉。在鄧本殷進犯之際，陳銘樞曾致電汪精衛(wèi)及蔣介石，請示戰(zhàn)守決策。汪精衛(wèi)復電指示：“即退守新會，待援。”蔣介石正在東征途中，于是也指示說：“可在單水口拒止敵人，以待贛軍（朱培德部）增援。”但陳銘樞及其部下蔣光鼐、蔡廷鍇、戴戟等果敢出擊，在桂軍呂煥炎部的支援下，于單水口將鄧本殷、申葆藩的優(yōu)勢兵力擊潰。朱培德部趕到時，戰(zhàn)斗已經(jīng)結束。

　　單水口失利后，鄧本殷、申葆藩對廣州國民政府的南征軍采取守勢，以一路守陽江，一路守信宜、羅定，一路守高州，另以申部守雷州、廉江，設總指揮部于安鋪，為四路策應，總兵力還有2.8萬多人，雖然鄧本殷、申葆藩所部多系收編民團土匪的烏合之眾，但由于其部隊數(shù)量遠遠多于陳銘樞，而南路地勢又復雜，陳銘樞等的兵力不能勝任。

　　10月31日，國民革命軍第3軍軍長朱培德率領第2軍一部（包括5個團、1個獨立營、1個工兵營）和第3軍全部奉命南下，與原南征部隊組成“南路聯(lián)軍總指揮部”，由朱培德任總指揮，朱克靖為政治部主任。廣州的《工人之路特號》報道了“朱培德任南路總指揮”消息：“日前政府為實行統(tǒng)一廣東起見，故于革命軍東征之際，實行肅清南路，除委任國民革命軍第4軍第10師長陳銘樞為南路指揮、令率師征討外，現(xiàn)為厚集兵力，迅速結束南路戰(zhàn)事計，特加調湘、滇兩軍會合進攻南路，委任國民革命軍第3軍長朱培德為南路聯(lián)軍總指揮。此項命令，昨已下云。”

　　按照朱培德下達的《國民革命軍南路各軍作戰(zhàn)計劃》，南征軍以陳銘樞（李濟深部）、王均（朱培德部）、戴岳（譚延闿部）、俞作柏（新桂系）為第一、二、三、四路指揮，陳章甫為右側支隊司令，兵分四路展開反攻，分別從臺山、開平、新會和廣西陸川進軍，計劃先肅清陽江的八屬聯(lián)軍，再進占高、雷和欽、廉等州。

　　11月10日，南路總指揮朱培德令各軍會攻高州。南征軍的主力陳銘樞部出電白攻高州之東，王均部出陽春攻高州之北，戴岳部和余漢臣旅出羅定、信宜擊高州之西，俞作柏由化州攻高州之南。各軍雖然迅速推進，但所屬不一，難免配合不很默契。南征軍的主力陳銘樞曾在進軍路上大批收編巴蜀聯(lián)軍潰兵數(shù)千人，被嚴令禁止，并要求他服從朱培德指揮。但陳銘樞認為如果不收編敵人潰兵，這些潰兵勢必會成為土匪，因此一邊控告朱培德增援不及時，一邊依舊收編，并將潰兵重新安置在欽州、廉州等地作為地方維持力量。

　　隨著東江戰(zhàn)事基本結束，廣州國民政府對南征部隊做了調整。11月17日，國民政府軍事委員會決議將國民革命軍第3軍（軍長朱培德）及國民革命軍第2軍（軍長譚延闿）所屬部隊調回北江原防區(qū)，另委派和新桂系有著深厚交往的國民革命軍第4軍軍長李濟深出任“粵桂聯(lián)軍總指揮”，負責南路作戰(zhàn)。李濟深到任后提出：南路地形狹長，南面靠海，北面千余里與廣西交界。如果舊桂系尚未肅清，廣西全境尚未由新桂系的李宗仁、黃紹竑等所控制，只是由西江方面向西進攻是有相當困難的。而現(xiàn)在廣西全境已為李、黃所控制，東江的陳炯明已經(jīng)被東征軍消滅，對南路用兵就十分容易了。為此，李濟深先親自出馬到南寧，和李宗仁等達成協(xié)議，從西、北兩方向夾擊鄧本殷、申葆藩以毀其老巢，得到了李宗仁的同意。此后，針對敵人南面靠海，北面戰(zhàn)線過長，兵力處處都很薄弱的特點，李濟深采取“多方誤敵”的戰(zhàn)術，綜合部署了四路大軍（任命陳章甫為第一路司令，由肇慶向三羅進攻；陳銘樞為第二路司令，由四邑向兩陽進攻；桂軍俞作柏為第三路司令，由廣西的陸川向高州、雷州進攻；胡宗鐸為第四路司令，由廣西的上思向廉州、欽州進攻），以期在不到一個月的時間里消滅敵人。

　　11月23日，李濟深偕同南路各屬行政委員甘乃光（1924年6月起任黃埔軍校政治部英文秘書兼政治教官），由廣州天字碼頭乘“江門輪”出發(fā)親赴前線，24日抵江門，受到各界的隆重歡迎。李濟深在江門設國民革命軍第4軍辦事處，任命剛升任第12師副師長的張發(fā)奎為辦事處主任，負責后勤供應事宜。在請示蔣介石后，李濟深將參加第二次東征的第11師陳濟棠部和張發(fā)奎獨立旅（均屬于第4軍）調赴南路作戰(zhàn)。11月28日，李濟深又抵陽江與各部會商作戰(zhàn)計劃。

　　在李濟深的指揮下，南征軍向欽、廉方向追擊，進展極為神速。坐鎮(zhèn)高州的鄧本殷本想起兵援救，先救陽江，不料桂軍俞作柏所部從廣西入粵，進逼化州、高州。鄧本殷擔心歸路被俞部切斷，于是倉惶退回雷州，留親信陳鳳起在高州督戰(zhàn)。南征軍四路合圍高州，陳鳳起寡不敵眾，向欽、廉方向潰逃。南征軍相繼攻克高州、化州后，迅速逼近了申葆藩的大本營廉州。10月26日，申葆藩率部由廉州退向欽州。28日，桂軍俞作柏部與南征軍陳銘樞部互相配合，打破了白沙、公館、閘利的敵軍，抵合浦縣之山口圩。

　　11月下旬，國民政府曾派何勇仁向申葆藩宣傳國民革命宗旨，策動其反正。申葆藩立即派代表陳坤培到廣州遞交致汪精衛(wèi)主席函，表示愿歸順國民政府，但因為李濟深指揮的南征軍進攻速度過快，申葆藩在各地的部隊還沒來得及投降，就相繼遭到殲滅。

　　11月30日，南征軍占領廉州。同日，李濟深為慶祝勝利，在陽江東校場舉行閱兵式，參加檢閱的有南路總指揮朱培德，“粵桂聯(lián)軍總指揮”李濟深，國民政府廣東南路各屬行政委員甘乃光，蘇俄顧問馬馬耶夫等。

　　在南征軍向欽、廉進軍的同時，廣西的新桂系部隊奉廣州國民政府之命,增調黃旭初縱隊分別由上思、橫縣進攻欽州。12月4日，胡、黃兩部在欽州附近與申葆藩部數(shù)千人接戰(zhàn)數(shù)小時。最后申軍不支，向欽州潰退。12月5日，桂系胡宗鐸部已達石船，黃旭初部到達陸屋，俞作柏部到達合浦，黃玉書部占領防城。申葆藩見大勢已去，在通電下野后棄部逃往安南(越南)，殘部由楊騰輝率領向南征軍投誠。12月6日，胡宗鐸、黃旭初率部進占欽州。不久又占領防城。欽、廉方面遂無戰(zhàn)事。

　　鄧本殷被迫率其殘余軍隊在北洋軍艦的掩護下竄逃到瓊崖，企圖借助瓊州海峽的天險以及北洋軍艦的支持作垂死掙扎。12月9日，李濟深由陽江出發(fā)，11日抵電白，后去雷州，布置渡海作戰(zhàn)事宜。按計劃，李濟深決定由第4軍集中于高、雷一帶，一面辦理善后、肅清殘敵；一面準備渡海，進攻瓊島。針對匪患的嚴重情況，他部署第4軍大力發(fā)動群眾，清剿土匪，軍政治部專門為此召集雷屬人民代表會議，商談治匪安民，撫恤善良問題。為了使各屬人民能與軍隊合作以全力對付南路軍閥，李濟深領導南征軍大力開展宣傳組織民眾的工作。他派第4軍政治部主任、共產(chǎn)黨員張善銘領導政治工作人員，深入農(nóng)村、工廠、街道宣傳和發(fā)動群眾，協(xié)助他們建立地方政權機構，幫助各地群眾組織工會、農(nóng)民協(xié)會、學生會、學生軍，以及除盜安民會等各種革命團體。由于南征軍進行了卓有成效的政治宣傳工作，促進了軍民合作，擴大了國民政府和國民革命軍的影響和威望。

　　蔣介石得到南路迅速平定的消息后非常高興。12月15日，蔣介石向軍事委員會呈上的一份《軍政改革計劃》里用以下的話表達了他的心情：“統(tǒng)一廣東，以鞏固革命根據(jù)地之目的，今日定可實現(xiàn)矣！然此仍為國民革命第一步也。廣東既定，全國人士之期望于政府者愈殷，北伐實行，我革命軍所需要之戰(zhàn)斗力愈大。勝利不可幸致，北洋軍閥固有必敗之道，然其軍隊之抵抗力量，實非陳、林、洪、鄧諸部所能比擬，我必于軍政之統(tǒng)一，軍事之訓練，軍事之準備，切實注意，盡革命前弊，積極刷新，而后能完成國民革命之使命也。”