1925年12月29日，孫文主義學會在廣東大學大操場舉行成立典禮。據1926年1月6日出版的《上海民國日報》記載，成立典禮當天，孫文主義學會在黃埔軍官學校教導團、國民革命軍各軍的代表，會同廣大、培正、執信女師、市師、市商、國民大學、女子體育等50余所院校的男女學生，廣東工商界代表，留學生代表以及各界群眾1萬人參加。大會在中午12時開始，主要內容有宣讀孫中山先生遺囑和各界代表演說，黃埔軍校黨代表汪精衛到會并發表演說等，會后還進行了游行。

　　孫中山先生改組國民黨、實行“聯俄、聯共、扶助農工”三大政策后，使一批優秀的中共黨員進入國民黨，在此后不久創辦的黃埔軍校，也任用了一批中共黨員身份的教官，國共兩黨開始了第一次合作。但自實行三大政策以來，謝持、張繼等一批身居國民黨高層的人物，一直對此持反對態度，在國民黨內部就出現左派和右派的斗爭，這種情況在黃埔軍校則表現為“中國青年軍人聯合會”與“孫文主義學會”的對立和斗爭。

　　中國青年軍人聯合會最早稱“青年軍人代表會”。1924年8月，為平定商團叛亂，孫中山指示廖仲愷和蔣介石，命令黃埔軍校學生與各軍校取得聯系，組織青年軍人代表會。參加者除黃埔軍校師生外，還包括當時在廣州的滇軍干部學校、粵軍講武堂、軍政部講武堂、警衛軍講武堂、桂軍學校、大元帥府衛士隊、飛機掩護隊、航空學校、鐵甲車隊以及“永豐”“飛鷹”等軍艦的代表，會址設在國民黨中央黨部。

　　商團叛亂平定之后，各軍校學生感到“革命軍人有團結以挽救時局之必要”，而代表會還不是一個“實際的組織團體，偶有開展的少量工作，也往往是有頭無尾，沒有連續性”，要求對代表會進行改組，后經報請黨代表廖仲愷和校長蔣介石同意，代表會于1925年1月25日推舉蔣先云、曾擴情、賀衷寒等人負責，籌備成立中國青年軍人聯合會。中國青年軍人聯合會成立之初，身為校長的蔣介石表示贊成，并親自寫了《組織發起中國青年軍人聯合會序言》，呼吁“廣大的青年軍人立即行動起來，團結起來，在革命政府的旗幟之下，做中國革命的先鋒派”。軍校黨代表廖仲愷在經費十分困難的情況下，還專門撥出500元作籌備會的經費。

　　1925年2月1日，在廣東大學大操場舉行了中國青年軍人聯合會成立大會，參加大會的各軍校學生2000多人，各界群眾3000多人。聯合會的主要成員多為黃埔軍校師生中的共產黨員，如蔣先云、李之龍、周逸群、徐向前、陳賡、王一飛、許繼慎、左權、陳啟科、李漢藩、楊其綱、張際春、余灑度、金佛莊、茅延楨、魯易、胡公冕、郭俊、唐同德、劉云、李永光等。聯合會名義上歸黃埔軍校黨代表領導，實際上由軍校政治部主任周恩來和中共黨支部領導。聯合會下設“血花劇社”，并辦有《中國軍人》《青年軍人》《中國青年軍人聯合會周刊》等刊物。聯合會以黃埔軍校為基地，還派人去北京、上海、天津、煙臺、開封、洛陽等地的軍隊中發展會員，建立組織，會員發展到2萬多人。

　　據黃埔1期生曾擴情回憶，自中國青年軍人聯合會成立后，國民黨一些上層人士“就斷定青年軍人聯合會這個組織不是一般青年軍人的聯合，而是作為發展共產黨組織的據點，從而決定采取以組織對付組織的行動”。此后，中國青年軍人聯合會的黃埔學生和他們的反對者之間開始對立，雙方經常唇槍舌劍地辯論，“有時弄到無法上課，會議不歡而散，影響了軍校的團結和教育”。

　　不久，黃埔軍校中成立了一個以賀衷寒為主席的6人執行委員會，最初取名為“中山主義研究社”，后改名為孫文主義學會。關于學會名稱，其主要領導、黃埔軍校教育長王柏齡曾做出如下解釋：“表面上既不是反對共產黨，而又是研究我側的孫文主義，難道研究馬克思主義的，會來加入嗎？這樣就可以和馬克思主義者畫一道鴻溝，爾為爾，我為我，八仙過海，各顯神通?！?到軍校黨代表廖仲愷遇害前，孫文主義學會曾大力在軍校內進行組織活動。廖案發生后，黃埔學生軍曾占領了粵軍第一軍司令部，孫文主義學會成員以此作為會所，正式開始辦公，并在學會內部呼蔣介石為“領袖”。在黃埔軍校中，孫文主義學會的成員有王柏齡、賀衷寒、繆斌、楊引之、冷欣、杜從戎、潘佑強、曾擴情、伍翔、酆悌、賈伯濤、胡靖安、余程萬、李果、胡宗南、桂永清、蔣伏生、林振雄、徐桴、王文翰、童錫坤、張叔通，還有虎門要塞司令陳肇英，廣州市公安局局長吳鐵城，海軍將領陳策、歐陽格等人，“幕后操縱者是戴季陶”。1925年10月以前，孫文主義學會“會具正式登記者且達千余人，大多是黃埔軍官學校已畢業的學生在黨軍中任中、下級干部，或在校學生”。為了和中國青年軍人聯合會對抗，孫文主義學會還成立了一個“白花劇社”，發行《國民革命》《獨立旬刊》等刊物，并派人到上海、北京、漢口、洛陽等地成立分會，會員發展到近萬人。據王柏齡回憶，1926年3月，廣州孫文主義學會還和京、津、滬、寧、蕪湖以及日本等地的孫文主義學會進行聯絡，試圖召開“孫文主義學會全國代表大會”未果。

　　隨著會員在黃埔軍校內逐漸增加，孫文主義學會和中國青年軍人聯合會的對抗更加激烈，一些參加孫文主義學會的黃埔師生公開地對共產黨員及進步學生進行攻擊，經常在軍校宿舍、飯堂、教室里發表攻擊共產黨、蘇聯的言論，因而引起中國青年軍人聯合會成員的反擊，繼而引起規模更大的辯論和爭議，兩會成員之間也時有打架發生。孫文主義學會分子與共產黨人“常有磨擦，如繆斌、賀衷寒等與蔣先云、傅維鈺等幾乎是開口就相罵，動手就打架”。其中最“有名”的沖突事件有：1925年10月，第二次東征開始前，黨軍在廣東大學舉行誓師大會，李之龍正代表中國青年軍人聯合會講話，賀衷寒突然帶人沖進會場，雙方由言語沖突，最后演化成幾百人大打出手的群毆；還有一次，孫文主義學會分子潘佑強、楊引之兩人，在廣州中山大學內遇到青年軍人聯合會的負責師生，即辱罵不休，施以毒打，而他們自己也遭到了反擊，雙方都有人受傷。此次事件后，潘、楊兩人的“打手”之名，很快傳遍了廣州。

　　隨著雙方斗爭的不斷升級，很多軍校中沒有加入中國青年軍人聯合會、孫文主義學會的師生也被卷入了雙方的沖突。據張治中回憶，他在上述兩會里并沒有組織關系，在兩派斗爭中也沒有隨聲附和。不過有一次，為了“調解雙方摩擦”，戴季陶和沈定一在黃埔軍校邀集大家開了一個座談會。在會上，戴季陶被中國青年軍人聯合會成員質問，幾乎“不得下臺”，張治中見狀，就上前打圓場為戴季陶解圍，結果當即引起中國青年軍人聯合會成員的不滿；而孫文主義學會的人，把他說成是“赤色分子”，讓張治中感到“困難、苦痛”。時任黃埔軍校潮汕分校行營主任的王懋功，由于為人“圓滑”，和雙方關系都不錯，結果一些孫文主義學會成員就說他“已經加入共產黨”，而中國青年軍人聯合會成員則把他看成“一個老奸巨滑的官僚”。

　　后來，雙方的斗爭更發展到了前線部隊。據黃埔2期生王大文回憶，在第二次東征途中抵潮州時，他曾與胡啟儒等人公開號召和鼓動同學參加孫文主義學會，結果與青年軍人聯合會成員“就中國革命的前途問題展開過辯論，雙方都竭力爭取同學的支持，斗爭尖銳而激烈”。但“在周恩來的領導之下，以團結與斗爭相結合，尚沒有發生甚么大的問題”。時任軍校入伍生部政治部主任的包惠僧也回憶，軍校黨代表汪精衛“對這些糾紛是一籌莫展”。為解決雙方糾紛，汪精衛曾表示希望從東征前線調回一些有影響力的人回來勸架。

　　兩派爭斗日漸激烈，讓蔣介石甚為擔憂。蔣介石在孫文主義學會舉行成立典禮開始前，曾公開宣稱中國青年軍人聯合會和孫文主義學會之間的斗爭“有違‘親愛精誠’的校訓”，在第二次東征結束后，他向參加東征的黃埔官兵談話表示：“近日本軍多有互相猜忌，彼此懷疑。既違反‘親愛精誠’之校訓，而團體精神渙散，終必黨國俱亡，使吾各人生無可歸之家，死無葬身之地矣。望我同志深自戒惕?！?他還在《黃埔軍官學校第三期同學錄序》中寫道：“軍校是總理一線相傳之國民黨內共產與非共產二者凝聚而成之血統也……以本校今日之精神，如不發生內部之分裂……合國際帝國主義者之全力而莫能御也?！贝送?，他更召見青年軍人聯合會負責人蔣先云，“談調和內部的事情”。12月28日，即孫文主義學會在廣東大學大操場舉行成立典禮的前一天，正在汕頭的蔣介石得知孫文主義學會準備在廣州舉行反共游行的消息后，還“漏夜嚴電阻止”。

　　到了1926年，蔣介石見“無法制止雙方的活動”，為了加強控制，曾和軍校首腦制定出“兩會干部準互相加入”、“兩會均受蔣介石、汪精衛指導”、“團長以上高級軍官，除黨代表外，不得加入兩會”、“兩會會員彼此有不諒解時，得請校長及校黨代表解決之”等條款，并頒布執行。4月7日，蔣介石又發布了一個《取消黨內小組織令》，宣稱：“本校為造就革命軍人之機關，所以全體官生應知如何努力研究學術，接受黨訓，始能期思想行動之一致。近查校內各官生于校特別黨部所屬組織外，尚有其他組織，實與集體化、紀律化之旨相妨礙。自本令公布日起，除本校特別黨部各級組織應由黨部加意工作外，其余各級組織著即一律自行取消，此后并不得再有各種組織發生。如稍有違犯，一經查出，實行嚴重究辦，以維紀律。著各級長官嚴行告誡，飭所屬一體知照遵行?！?/p>

　　據此命令，兩個組織同時解散，并另成立黃埔同學會，把黃埔學生和教職員的組織統一起來，由蔣介石直接領導。1926年4月10日，中國青年軍人聯合會首先發出解散通電，21日，孫文主義學會也發出了自動解散宣言，于是，兩個對立的組織就此解散了。