黃埔軍校因校址改變，在大陸有黃埔、南京、成都三個(gè)時(shí)期。有9期在南京入學(xué)或畢業(yè)的學(xué)生，即五至十三期，是黃埔軍校史上的一個(gè)重要時(shí)代。

    　蔣介石視“黃埔系”為人力資源寶庫，非常重視黃埔軍校的建設(shè)。1927年4月蔣介石國(guó)民黨政權(quán)定都南京后，5月就開始籌備以原廣州黃埔軍校為基礎(chǔ)的預(yù)科軍官學(xué)校，并成立了籌備委員會(huì)。8月12日，蔣介石下野，籌備工作也就停頓下來，直到1928年1月，蔣介石復(fù)職后才又重提由廣州向南京遷校之事。同年3月16日，新軍校本校在南京正式成立，定名為“中央陸軍軍官學(xué)校”，蔣介石任校長(zhǎng)，李濟(jì)深為副校長(zhǎng)，何應(yīng)欽為教育長(zhǎng)。

    　軍校成立后，在教育體制和人事安排上較原黃埔本校有所改變。1929年7月，軍校采用委員制，校務(wù)委員是蔣介石、胡漢民、吳敬恒、馮玉祥、閻錫山、何應(yīng)欽、李宗仁、李濟(jì)深。何應(yīng)欽為常務(wù)委員，張治中為教育長(zhǎng)。同時(shí)，對(duì)一些舊制度作了調(diào)整：

   　(1)校長(zhǎng)辦公廳改為總辦公廳。

   　 (2)教育部和訓(xùn)練部合并為教育處。

  　  (3)管理處改為總務(wù)處。

   　 (4)軍械處改為軍械科。

  　  (5)編譯處改為編譯科。

  　  (6)政治訓(xùn)練處改后隸屬于校本部。

  　  (7)經(jīng)理處和軍需處按原體制不變。

    　1933年6月，又恢復(fù)校長(zhǎng)制，并在校長(zhǎng)以下設(shè)校務(wù)委員會(huì)。蔣介石為校長(zhǎng)兼委員，其他委員較原人選略有增減。軍校自第八期開始，又增設(shè)高等教育班、軍官補(bǔ)習(xí)班、軍官訓(xùn)練班，并受委托代訓(xùn)空軍、海軍、軍需、軍醫(yī)、兵工、測(cè)量、獸醫(yī)等人伍生，后又成立空軍營(yíng)。1937年春，張治中辭去教育長(zhǎng)職。5月，由陳繼承繼任。這時(shí)軍校已有相當(dāng)規(guī)模。12月，日軍占領(lǐng)南京前夕，軍校輾轉(zhuǎn)進(jìn)川，校本部遷到成都。黃埔軍校在南京時(shí)期隨告結(jié)束。

    　在南京時(shí)期，各期入學(xué)、畢業(yè)情況簡(jiǎn)述如下：
　
   　 第五期：

    　系于1926年3月將原已編入第四期而沒有升學(xué)的入伍生組成，在廣州黃埔入學(xué)。本期學(xué)員最初為第五期入伍生第一團(tuán)。7月，又成立第二團(tuán)。該期入伍生炮兵團(tuán)、工兵營(yíng)、迫擊炮連，曾隨師北伐，戰(zhàn)績(jī)卓著。該期于11月升學(xué)。

    　1927年8月，在南京舉行畢業(yè)典禮，共計(jì)有學(xué)員2418名。

  　  第六期：

    　本期是黃埔軍校南京時(shí)期首批學(xué)員，于1928年3月舉行開學(xué)典禮。4月13日，杭州第六期學(xué)生1026名來南京，與在校考取生和長(zhǎng)沙分校、武漢分校、學(xué)兵團(tuán)、福建陸軍干部學(xué)校學(xué)員合并，共計(jì)2269名。除長(zhǎng)沙分校學(xué)員編為第三大隊(duì)外，其余混編為步兵第一、第二大隊(duì)、炮兵大隊(duì)、工兵大隊(duì)。暑假后，步兵第三大隊(duì)畢業(yè)離校，又將宣傳隊(duì)和黃埔本校學(xué)員編入南京本校。同時(shí)，第十四、第四十四軍軍官講習(xí)所學(xué)員也并入南京本校，編為步兵第四大隊(duì)。并入交通技術(shù)學(xué)員編為交通大隊(duì)。并入第二十六軍軍官團(tuán)、編入輜重區(qū)隊(duì)，屬炮兵大隊(duì)。

    　本期學(xué)員共計(jì)3534人，于1929年5月期滿畢業(yè)，稱為第六期第一總隊(duì)。以此與黃埔第六期第二總隊(duì)相區(qū)別。

    　第七期：

    　以1928年初浙江國(guó)民黨省政府在杭州設(shè)立的軍事訓(xùn)練班為基礎(chǔ)，其中收容黃埔學(xué)員1000余人，編為第三大隊(duì)，除第一、第二大隊(duì)屬于第六期學(xué)員外，第三大隊(duì)即第七期預(yù)科生。稍后，國(guó)民黨第二集團(tuán)軍軍官學(xué)校的學(xué)員，送杭州改編，也同屬第七期預(yù)科生。

    　1928年冬，該期預(yù)科生來南京升學(xué)，分步、騎、工、輜重等科。1929年10月，曾奉命去武漢執(zhí)行任務(wù)，分駐各地，教育因此停頓。11月返校補(bǔ)課。12月底畢業(yè)，共計(jì)有學(xué)員852名。稱為第七期第一總隊(duì)。以此與黃埔第七期第二總隊(duì)相區(qū)別。

    　第八期：

    　本期在教育體制等方面與以往有很大不同點(diǎn)。

   　 一是該期于1930年5月成立的入伍生團(tuán)，其組織雖與普通編制相同，但又與普通步兵團(tuán)不同，在各連設(shè)尉官班長(zhǎng)，也是以前入伍生團(tuán)所沒有的。

    　二是自本期開始，延長(zhǎng)學(xué)員在校修業(yè)時(shí)間為3年，第一年為入伍生教育，使其對(duì)軍隊(duì)生活有所了解。第二、三年為學(xué)員教育，學(xué)習(xí)各兵科將校官必要的知識(shí)和指揮能力。

    　三是從1931年起，軍校改傳統(tǒng)的蘇式和日式教育為德式教育方式，蔣介石曾經(jīng)專聘德國(guó)顧問來校講學(xué)，如總顧問鮑爾，德國(guó)駐上海總領(lǐng)事克禮培爾，德國(guó)原國(guó)防軍總司令塞凱特，德國(guó)將軍魏資爾等，都曾為軍校出謀劃策。

    　1932年3月，武漢分校第八期學(xué)生總隊(duì)并入南京本校，為第八期第二總隊(duì)。本校生為第一總隊(duì)，1933年5月畢業(yè)，計(jì)有學(xué)員505名。第二總隊(duì)于11月畢業(yè)，計(jì)有學(xué)員1240名。該期畢業(yè)生共計(jì)1745名。

    　第九期：

    　該期學(xué)員主要來自河南、山東、山西、陜西、遼寧、綏遠(yuǎn)等地。1931年3月入校，翌年5月升學(xué)，1934年5月畢業(yè)，共有畢業(yè)生654名。

    　第十期：

    　本期經(jīng)兩次招生，先后于1933年9月進(jìn)校，編為入伍生團(tuán)。后又將備取生成立為入伍生預(yù)備班，修業(yè)時(shí)間延長(zhǎng)半年。入伍生團(tuán)畢業(yè)生有940名，分為步、騎、炮、工、交通等科，1936年6月畢業(yè)，稱為第十期第一總隊(duì)。預(yù)備班的畢業(yè)生共有621名，分科與第一總隊(duì)相同，1937年1月畢業(yè)，稱為第十期第二總隊(duì)。該期共有畢業(yè)生1561名。

    　第十一期：

   　 該期學(xué)員主要來自北平、洛陽、漢口、南京、上海、廣州等城市，有正取生700余名，編為入伍生第一團(tuán)，稱第一總隊(duì)。備取生編為預(yù)備班，為第二總隊(duì)，修業(yè)期延長(zhǎng)半年，先后于1934年9月入伍。第一總隊(duì)于1935年11月入伍期滿，分發(fā)各部隊(duì)實(shí)習(xí)三個(gè)月，于1936年1月升學(xué)，1937年8月底畢業(yè)，分騎、炮、工、交通等科，共計(jì)有605名。第二總隊(duì)于1937年10月畢業(yè)，共計(jì)664名。

   　 本期共有畢業(yè)生1269名，是黃埔軍校在南京時(shí)期的最后一批畢業(yè)學(xué)員。

    　第十二期：

    　1935年9月28日在南京入伍。共有652名。11月11日，要塞炮校的103名學(xué)員轉(zhuǎn)入本校。1936年9月9日分科，步兵4個(gè)連，炮兵1個(gè)連，工兵1個(gè)連，通信兵1個(gè)排。1937年1月8日升學(xué)，為第十二期學(xué)生總隊(duì)，共計(jì)740名。1937年底遷移，1938年2月畢業(yè)于武昌。

   　 第十三期：

    　是南京時(shí)期最后一批在南京招收的學(xué)員。1936年9月1日入伍，共計(jì)1490名。1937年11月升學(xué)，為第十三期學(xué)生總隊(duì)，共計(jì)1446名。升學(xué)不久，因日軍侵犯南京，軍校也由南京西行，經(jīng)江西、湖南、湖北進(jìn)入四川。1938年9月16日畢業(yè)于四川銅梁，共計(jì)畢業(yè)生1412名。

    　此外，在南京招考的還有第十四期入伍生，分別于1937年10月之后在南京入伍。1938年11月和1939年9月分別畢業(yè)于四川銅梁。累計(jì)有畢業(yè)生2179名。該期學(xué)員在南京沒有升學(xué)，故不能算入南京時(shí)期黃埔軍校生。

   　 南京時(shí)期的黃埔軍校對(duì)研究民國(guó)史、國(guó)民黨史有著重要的不可或缺的作用。